Le site des Agriates est un site mixte, dont la surface marine recouvre 78 % de la surface totale. Il s’étend sur 29 670 hectares dont 6 568 terrestres. La partie marine est entièrement incluse dans le Parc National Marin de Cap Corse et de l’Agriate. On y trouve une importante variété d’habitats littoraux d’intérêt communautaire et d’intérêt floristique majeur tels que : un ensemble varié de plages et de dunes sablonnées boisées (abritant la linaire jaune et plusieurs espèces menacées et/ou protégées), des ruisseaux temporaires (hébergeant des espèces d’invertébrés adaptées à ces régimes d’oueds), des pelouses temporaires humides et une dizaine de petites zones humides présentant un large éventail de groupement halophiles, saumâtres d’eau douces, avec plusieurs plantes rares ou absentes du continent. On y trouve également 10 espèces inscrites en annexe II de la directive « habitats », la linaria flava, le petit rhinolophe, le rhinolophe euryale, le grand murin, la cistude d’Europe, le phylodactylle d’Europe, le discoglosse sarde, le grand capricorne, le porte-queue de Corse et le grand dauphin.
Le document d’objectif pour la partie terrestre est en cours de réalisation par le Conservatoire du Littoral. Pour la partie marine, c’est le plan de gestion du Parc National Marin du Cap Corse et des Agriates qui fera office de document d’objectif.